Inazuma Eleven Go: Chrono Stone – Inazuma Eleven Go: Chrono Stone diatur setelah Holy Road Soccer Tournament. Pahlawan saat itu, Tenma Matsukaze, bepergian ke seluruh Jepang untuk mengajar sepak bola kepada anak-anak. Dia kembali ke SMP Raimon setelah menyelesaikan misinya, tetapi yang mengejutkan, itu bukan lagi SMP Raimon yang sama yang dia ingat. Klub sepak bola tidak ada, dan anggota tim juara di Turnamen Sepak Bola Jalan Suci tidak ingat pernah mengambil bagian dalam turnamen. Mereka tidak ingat Tenma maupun permainan sepak bola yang mereka sukai. Saat Tenma bingung dengan perubahan ini, Alpha, pemimpin Agen Rute dan kapten tim Protokol Omega, tiba-tiba muncul di hadapannya. Alpha menyatakan bahwa dia dan timnya bertanggung jawab untuk memusnahkan gairah sepak bola di Raimon bersama dengan kenangan dari anggota klub sepak bola: dan selanjutnya Tenma sendiri. Saat itulah seorang anak laki-laki aneh bernama Fei Rune muncul tepat pada waktunya untuk menyelamatkannya. Siapakah Fei, dan mengapa Alpha ingin menghilangkan sepak bola selamanya? Tenma tahu bahwa dia perlu melakukan segala daya untuk muncul sebagai pemenang. Ini adalah pertempuran yang bisa menyegel nasib sepak bola selamanya.