Pada awal abad ke-21, sihir, yang telah lama dianggap sebagai cerita rakyat dan dongeng, telah menjadi teknologi yang sistematis dan diajarkan sebagai keterampilan teknis. Di Sekolah Menengah Pertama, institusi untuk pesulap, siswa dipisahkan menjadi dua kelompok berdasarkan nilai ujian masuk mereka: “Blooms,” mereka yang menerima nilai tinggi, ditugaskan ke Kursus Pertama, sementara “Gulma” adalah siswa cadangan yang ditugaskan di Kursus kedua.Mahouka Koukou no Rettousei mengikuti saudara kandungnya, Tatsuya dan Miyuki Shiba, yang terdaftar di Sekolah Menengah Pertama. Setelah mengikuti ujian, Miyuki yang luar biasa ditempatkan di Kursus Pertama, sementara Tatsuya diturunkan ke Kursus Kedua. Meskipun skor tes praktis dan statusnya sebagai “Weed” menunjukkan dia tidak kompeten secara ajaib, dia memiliki pengetahuan teknis yang luar biasa, kemampuan tempur fisik, dan teknik sihir yang unik — menjadikan Tatsuya sebagai orang yang tidak teratur di sekolah menengah yang magis.